Возможен такой сценарий.
Бумажные упаковки были "промежуточной" упаковкой, что использовалась между монетным двором и моментом упаковывания медали/ордена в картонную/бальсовую коробку. В медальные коробки они помещались легко, а потому часто там и обнаруживаются. На заключительном этапе войны стало уже не до коробок, потому и встречаются знаки рядом с бумажными упаковками без коробок. Естественно, это только гипотеза.