Вскоре, правда, Чагину пришлось ненадолго сойти на берег. В 1900-1901 годах во главе русского десантного отряда он участвовал в походе на Пекин и подавлении Ихэтуаньского ("боксерского") восстания. Это восстание, направленное против вмешательства европейских государств в экономику, внутреннюю политику и религиозную жизнь Китая, было подавлено военной коалицией восьми государств - Российской империи, Франции, Японии, США, Великобритании, Италии, Германии и Австро-Венгрии. Повстанцы ставили перед собой цель очистить страну от иностранцев, для этого они в разных городах страны нападали на иностранцев и китайцев-христиан, представителей зарубежных миссий, сжигали и уничтожали церкви и школы. Только в мае 1900 года было сожжено 8 христианских храмов, сожжено здание Русской Православной миссии в Бэйгуане. В июне в Китае был убит сотрудник японского посольства, а в Пекине в ночь с 23 на 24 июня 1900 года началась резня христиан, получившая название "Варфоломеевская ночь в Пекине". В Тайюане были обезглавлены 45 английских миссионеров, католиков и протестантов, в числе которых были женщины и дети.
Эти действия китайских повстанцев и привели к созданию военной коалиции, в которой решающая роль была отведена российской армии. Так, части Приамурского военного округа Российской империи совместно с Уссурийским казачьим войском под командованием генерал-губернатора Николая Чичагова успешно действовали в Манчжурии, и в начале августа 1900 года взяли Харбин. В то же время часть русской армии при поддержке десантного отряда, высадившегося в Порт-Артуре, 30 сентября с ходу овладели Мукденом, другая часть продолжила наступление на Пекин.
13 августа начался штурм Пекина, продолжавшийся несколько дней. Когда российские войска уже вели уличные бои, к ним присоединился американский военный корпус. Вслед за ними в город вошли войска Японии, Германии и части британских колониальных сил из Индии. Лишь 28 августа коалиционные войска взяли штурмом императорский дворец. Иван Чагин возглавлял один из десантных отрядов, участвовал в штурме Пекина, где проявил мужество и героизм. За участие в походе на Пекин в составе коалиционных войск капитан 2-го ранга И.И. Чагин был награжден золотой саблей "за храбрость", французским орденом Почетного Легиона и почетной медалью.
После участия в штурме Пекина И.И. Чагин вернулся на свой крейсер "Россия", где занимал должность старшего офицера до 10 декабря 1901 года, а потом, в январе 1902 года он впервые получил корабль под собственное командование. Вернее, корабля как такового, пока еще не было. Крейсер 2-го ранга "Алмаз", на который И.И. Чагин был назначен командиром, был заложен на Балтийском заводе в Петербурге только в сентябре 1902 года. Однако Чагин не сидел без дела. Готовясь к принятию командования крейсером, он с сентября 1902 года по апрель 1903 года был слушателем командирских курсов Петербургской Морской академии. В августе Иван Чагин назначается флигель-адъютантом свиты его императорского величества. С этого времени начинается его близкое знакомство с членами императорской семьи и лично Николаем II, но Чагин с нетерпением ждет окончания строительства "Алмаза". Крейсер построили очень быстро, и уже 2 июня 1903 года он был спущен на воду, а в ноябре 1903 года вступил в строй.
Крейсер Алмаз С началом русско-японской войны крейсер "Алмаз" переведён на Тихий океан. И уже вскоре крейсеру и его командиру, капитану 2-го ранга Чагину, было суждено войти в историю. 14 (27) мая 1905 года крейсер "Алмаз" участвовал в Цусимском сражении - последней решающей морской битве в ходе русско-японской войны. Русская эскадра была полностью разгромлена, большая часть кораблей была потоплена или затоплена экипажами своих кораблей, часть капитулировала, некоторые интернировались в нейтральных портах и лишь четырем кораблям удалось дойти до русских портов. "Алмаз" под командованием И.И. Чагина был единственным из крейсеров, кому удалось прорвать японскую блокаду и прибыть во Владивосток 29 мая 1905 года. Через неделю, 6 июня, И.И. Чагин сдал командование крейсером капитану 2-го ранга Угрюмову.
И.И. Чагин тяжело переживал поражение в войне и гибель русской эскадры. Ему удалось спасти свой корабль, за проявленный героизм он даже был награжден в сентябре 1905 года орденом Святого Георгия 4-й степени, но чувство вины не оставляло его, он искал для себя нового важного дела.
После возвращения в Петербург, в сентябре 1905 года И.И. Чагин становится членом комиссии по пересмотру "Положения о морском цензе" 1885 года, которое определяло порядок производства в чины и назначения на строевые должности морских офицеров, флотских штурманов, артиллеристов и механиков, а также устанавливало продолжительность времени, проведенное офицером на корабле, как условие для дальнейшего продвижения по службе. Однако он рвался в море, и поэтому был счастлив принять на себя командование императорской яхтой "Штандарт" 7 ноября 1905 года.
Церемония закладки яхты состоялась 1 октября 1893 года в Дании, в присутствии гостивших там российского императора и императрицы. В день закладки было решено, что спуск на воду новой яхты, получившей имя "Штандарт", непременно должен состояться 26 февраля 1895 года - в день рождения Александра III. И через два года для спуска корабля пришлось несколько дней пробивать во льду канал, а поскольку во время суровой зимы упал уровень воды, строить далеко уходивший в воду специальный слип. Благополучный спуск "Штандарта" на воду прошел при большом стечении копенгагенцев, в присутствии членов датской королевской семьи во главе с кронпринцем Фредериком и всего дипломатического корпуса. Окончание сдаточных испытаний яхты совпало с пребыванием в Дании Николая II. Накануне их проведения, 3 сентября 1896 года, он побывал на "Штандарте" и, подробно осмотрев яхту, дал ей высокую оценку. Особенно ему понравилась внутренняя отделка кают и салонов, выполненная по проекту датского художника Людовига Монберга, которого он наградил серебряными часами. В своем дневнике Николай II отметил, что на новом "Штандарте" много мебели со старой яхты "Державы" и все серебро с нее же и с прежних "Ливадии" и первого "Штандарта".